Jei komandų seką tenka dažnai naudoti, galima ją įrašyti į failą. Tokio tipo failas vadinamas shell script’u arba shell programa. Shell programose be komandų sekų galima naudoti ir sudėtingesnes konstrukcijas (sąlyginės komandos, išsišakojimai, ciklai, funkcijos ir pan.). Su šiomis valdymo struktūromis bus supažindinama sekančiuose laboratorinio darbo užsiėmimuose.